症状は こちら の状況と同じで、pip で何もできなくなる。

環境は、Python 3.5.3、pip は 9.0.1 、OS は FreeBSD 10.3 。

対処方法として こんな のがでていたけど、そもそもその pip が動かないんだよ！

最終的に こんな かたちで、git から pip のソース持ってきて setup.py install 。